Jin-Roh The Wolf Brigade (Brigade Serigala) bercerita tentang Kazuki Fuse, seorang anggota polisi khusus saat Jepang sedang mengalami masa transisi yang menyebabkan terjadinya banyak kerusuhan tahun 1950-an. Setelah gagal mengeksekusi seorang gadis yang ketakutan dan melihat si gadis meledakkan dirinya dengan peledak buatan, Fuse dikirim ke kamp pelatihan untuk di re-evaluasi. Saat mengunjungi makam si gadis, Fuse bertemu dengan orang yang mengaku sebagai kakak gadis tersebut. Kei, yang tidak memiliki rasa dendam atau benci kepada Fuse, akhirnya keduanya mulai mengembangkan perasaan satu sama lain. Dari sinilah cerita yang mengubah hidup Fuse dimulai.