Menceritakan tentang Haru Shinkai, Seorang remaja yang mendapatkan Appli Drive untuk mematerialisasikan Gacchimon, Digimon dari Aplikasi pencarian (Search App). Keduanya harus berhadapan dengan Leviathan, sebuah AI jahat yang mengambil kendali Appmon dan memasukkan virus agar bisa mengambil alih dunia melalui Dunia maya. Sebenarnya ada rahasia apa di balik Appli Drive? kenapa terdapat area misterius di antara dunia maya dan Dunia nyata tempat Appmon berada. Lalu Bagaimana cara kerja App Combine yang mampu menggabungkan dua Appmon? apa tujuan sebenarnya dari Leviathan?