Remaja yang memiliki kemampuan spesial, jumlahnya sangat sedikit. Yuu Otosaka memanfaatkan kemapuannya untuk memuaskan dirinya di dalam kehidupan sekolah. Kemudian, dia bertemu dengan seorang gadis bernama Nao Tomori. Pertemuan mereka menjadi takdir pertemuan bagi para pemegang kekuatan spesial.